Aktualności
Badanie roztworu Lizosomów metodą SAXS pozwoliło na obliczenie promienia bezwładności (Rg) i funkcję rozkładu odległości par (PDDF).
Wprowadzenie
Technika wąskokątowego rozpraszania promieniowania rentgenowskiego (SAXS) jest popularna przy badaniu systemów biologicznych a dokładniej roztworów białek. SAXS pozwala na ustalenie kształtu makromolekularnego poprzez rekonstrukcję kopertową. Zebrane dane pozwoliły na określenie promienia bezwładności Rg i funkcji rozkładu odległości par PDDF.
Pomiar i wyniki
Pomiaru dokonano na roztworze o stężeniu 1.5, 3.0 i 5.0 mg/ml w systemie Xenocs Capillary Flow Cell, wykorzystując jako bufor 40 mM kwas octowy i 50 mM NaCl pH 4.0.
| c (mg/ml) | Exposure time | Guinier Rg (error)AutoRg1 |
| 1.5 mg/ml | 10 min30 min | 1.36 nm (0.34)1.41 nm (0.04) |
| 3.0 mg/ml | 10 min30 min | 1.43 nm (0.22)1.40 nm (0.15) |
| 5.0 mg/ml | 10 min30 min | 1.38 nm (0.14)1.39 nm (0.02) |
Wyniki parametru strukturalnego Rg zostały uzyskane poprzez obliczenia przy wykorzystaniu oprogramowania PRIMUS1. Dane są porównywalne z tymi uzyskanymi z synchrotronu2 – Rg = 1.43 nm. Krótki czas ekspozycji (10min) jest wystarczający do określenia tego parametru.
PDDF p(r) został obliczony przy pomocy oprogramowania GNOM1. Na rysunku 1 zaobserwować można,
że krzywe uzyskane z różnych stężeń nakładają się. Dowodzi to, że wiarygodne dane mogą być uzyskane nawet przy pomiarach niskiego stężenia.
Porównanie dwóch czasów ekspozycji dla stężenia 5 mg/ml przedstawione jest na rysunku 2. Krzywe praktycznie nakładają się, co dowodzi, że 10 minutowy czas ekspozycji jest wystarczający do uzyskania wiarygodnych wyników.
Co dalej ?
Technologia Xenocs clean-beam technology3 jest w pełni zintegrowana z Nano-inXider co pozwala na badania bio-makromolekularne mocno rozcieńczonych roztworów.
Ponadto, niskoszumowe komory przepływowe Xenocs pozwalają na obniżenie limitów pomiarowych BioSAXS.
1Petoukhov et al., J. Appl. Cryst., 2007,40, s223-s2282
2Svergun et al, J. Appl. Cryst., 2005, 38, 555–558
3TN-XE03 – Unique Signal-to-Noise ratio
Członkowie Klastra
Zostań członkiem klastra
